處理高濃度發酵廢水，常用的方法是生物方法，但是往往要輔以物理和化學的處理方法才能達到排放標準。

　　生物方法中又分為好氧和厭氧，一般來說，高濃度有機廢水僅靠厭氧和好氧很難達到排放標準。厭氧能降解濃度高難降解物質，耐沖擊負荷，大幅度削減COD，提高水質可生化性。好氧借助厭氧工藝進一步處理中低濃度的有機廢水，大幅度降低COD、BOD和其他雜志，使出水水質達到要求。所以處理高濃度發酵廢水需要采用厭氧一好氧工藝。

　　當然，工業發酵廢水的循環利用和資源化處理，不但能解決工業廢水處理的問題還能變廢為寶，節約資源和能源，為企業創造利潤。目前，許多學者已經通過研究對這一類廢水進行資源化利用，包括回收成分，用作其他產品的材料，用作能源、肥料等。資源化利用不僅減少二次污染，還能增加盈利，實現治理和利用雙贏的效果。